Comment va évoluer la pandémie de COVID-19? Sommes-nous proches du pic de transmission, ou juste au début d’un raz-de-marée infectieux? Le virus SArS-CoV-2 peut-il muter et devenir plus virulent?

Sans boule de cristal, impossible de répondre de façon sûre à ces questions. Mais nous avons demandé à Samuel Alizon de nous donner quelques pistes pour mieux comprendre l’émergence et la trajectoire de cette épidémie.

Ce chercheur au Centre national de la recherche scientifique à Montpellier, en France, est spécialiste de l’écologie évolutive, et travaille plus précisément sur la modélisation des maladies infectieuses. Il s’intéresse tout particulièrement à la virulence des différents agents pathogènes, sous un angle évolutionniste. Il est l’auteur du livre C’est grave, Dr Darwin ?, paru en 2016 aux éditions du Seuil.

Plusieurs hypothèses circulent quant à l’évolution possible de cette épidémie. Qu’en est-il?

Maintenant que nous sommes au stade de pandémie, et non plus de flambées épidémiques locales comme c’était le cas au début, on passe de phénomènes aléatoires à une dynamique assez prévisible.

Ce qui est crucial, c’est le fameux R₀, le taux de reproduction de base du virus. Il correspond au nombre d’individus qu’une personne porteuse va infecter pendant la durée de son infection. Pour ce virus, on l’estime aux alentours de 3; chaque personne atteinte infecte en moyenne trois autres personnes. L’ampleur d’une épidémie est fortement liée au R₀.

Et que laisse présager un R₀ tournant autour de 3?

Selon les modèles les plus simplistes de propagation de maladies infectieuses, le nombre de personnes qui n’auront pas été infectées à la fin d’une épidémie est égal à 1/R₀. En l’occurrence, pour ce virus, 30% des gens ne seraient pas touchés – ce qui signifie que 70% des personnes peuvent être infectées.

Évidemment, il s’agit de modèles simplistes, pour une population homogène où tout le monde aurait le même nombre de contacts. C’est un peu le scénario catastrophe. En réalité, les autorités publiques ne restent pas les bras croisés. C’est justement pour cela qu’il est difficile de faire des prédictions, car toute politique de santé, comme la fermeture des écoles par exemple, a un effet sur ce R_0.

Pour que l’épidémie s’arrête en quelques semaines, il faudrait que le R₀ tombe en dessous de 1. Mais si on divise par deux le nombre de contacts, ce qui est déjà beaucoup, on peut tout de même ralentir la propagation.

Après, il y a évidemment des enjeux économiques. Pour certaines personnes, c’est tout à fait possible de rester à la maison, tandis que pour d’autres, cela signifie ne pas avoir à manger à la fin du mois. Les États et les employeurs ont là une responsabilité.

Beaucoup clament sur les réseaux sociaux que ce virus est moins problématique que les virus grippaux saisonniers. Quelles sont les différences?

C’est un virus respiratoire qui ressemble, dans sa transmission, à ceux de la grippe. Sauf que le R₀ du coronavirus est deux fois plus élevé que celui de la grippe saisonnière, qui est de 1,5 annuellement. De plus, chaque année, une bonne partie de la population est déjà immunisée contre la grippe [car elle l’a déjà contractée dans le passé ou qu’elle est vaccinée, NDLR]. C’est probablement ce qui a fait que l’épidémie de H1N1 n’a pas été si intense. Cette fois, c’est toute la population qui est susceptible.

L’autre problème, c’est qu’il semble y avoir beaucoup plus de transmissions asymptomatiques qu’avec la grippe. C’est un facteur clé en santé publique : si les symptômes apparaissent avant que l’on devienne contagieux, c’est assez facile à contrôler. Avec le coronavirus, il semble y avoir un décalage de quasiment deux jours entre le pic de transmission et le pic des symptômes, ce qui est pire qu’avec la grippe ou le SRAS. Cette période de transmission asymptomatique nécessite d’ajuster les modèles traditionnels. Notre équipe travaille d’ailleurs là-dessus, pour offrir de meilleures prédictions.

Le virus va-t-il évoluer?

Il évolue en permanence, car chaque nouveau virion est différent des précédents. Sauf que la majorité de ces mutations sont a priori neutres, ou délétères pour le virus.

Est-ce qu’il peut y avoir des mutations «adaptatives» (qui lui permettraient de mieux s’adapter au corps humain et d’être encore plus efficace) ? C’est très probable. Ce fut le cas pour l’épidémie d’Ebola: une mutation a permis au virus de mieux exploiter les cellules humaines que les cellules animales. Cela a été démontré après coup.

Certaines mutations sont déjà apparues dans le coronavirus, mais c’est difficile de montrer leur effet.

À la base, ce virus est-il bien adapté à l’humain?

Un nouveau virus qui émerge d’un réservoir animal, comme celui-là, est a priori mal adapté à l’humain. Le fait d’être mal adapté peut se traduire de différentes manières : il pourrait par exemple ne pas du tout réussir à se reproduire dans les cellules, ou alors très mal exploiter son hôte. C’est ce qui s’est passé avec le SRAS : ce virus engendrait un emballement du système immunitaire parfois mortel et une virulence (voir encadré plus bas) anormalement élevée.

Cette fois, le virus est moins virulent que le SRAS, mais son R₀ est plus élevé. Il est peut-être à son optimum, mais s’il parvient à exploiter les cellules humaines encore mieux, il pourrait encore augmenter son R₀.

Quelles sont vos principales inquiétudes?

Une épidémie qui peut toucher presque toute une population au même moment, c’est assez unique. Je pense que le risque est plutôt social: un afflux dans les hôpitaux.

Le risque pour les jeunes n’est pas tant de mourir du coronavirus, mais plutôt de n’importe quelle affection, accident ou choc anaphylactique qui nécessite une prise en charge en urgence. Si les infrastructures de santé sont saturées, cette prise en charge sera moins efficace.

Pour nous qui travaillons en évolution des populations, c’est bien connu : si on veut comprendre une infection, il faut comprendre les facteurs sociologiques et la dynamique de la population. Aujourd’hui, on demande aux gens, dans une société où l’individu, voire l’individualisme, est valorisé, de basculer d’un coup vers une réflexion collective ou altruiste. Est-ce que cela va fonctionner?